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제1대 원장
- 안승주
- 전)공주대 총장
- 재임기간 1995.6.15 ~ 1998.6.14
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제2대 원장
- 황용주
- 전) 중앙대교수, 전) 도시문화연구재단 이사장
- 재임기간 1998.11.3 ~ 2001.2.21
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제3대 원장
- 정종환
- 철도청장, 전) 한국도시시설공단 이사장, 현) 국토해양부 장관
- 재임기간 2001.10.26 ~ 2002.4.9
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제4대 원장
- 오제직
- 전) 공주대학교 총장, 전) 충청남도 교육감
- 재임기간 2003. 2.12 ~ 2004.5.31
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제5, 6대 원장
- 김용웅
- 전) 국토연구원 부원장
- 재임기간 2004.7.9 ~ 2010.7.7
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제7대 원장
- 박진도
- 충남대학교 교수, 현) 충남발전연구원장
- 재임기간 2010.8.2 ~ 현재
